不通过应交税费科目核算的税种主要包括：

1. 印花税：在交易、转让、签署合同等过程中产生的税费，实际发生时借记“税金及附加”，贷记“银行存款”科目。

2. 耕地占用税：直接计入资产的成本，发生时通过银行存款支付。

3. 关税：在进口商品时支付的税费，不通过应交税费科目核算。

4. 进口时的消费税：同样在进口商品时支付，不通过应交税费科目核算。

5. 车辆购置税：在购买车辆时支付的税费，不通过应交税费科目核算。

6. 契税：在购买不动产时支付的税费，不通过应交税费科目核算。

这些税种通常有特定的会计处理方式，不直接计入应交税费科目，而是根据其性质分别计入不同的会计科目