自建厂房需要缴纳的税种主要包括：

增值税

如果自建厂房对外销售，需要缴纳增值税。

增值税率可能为5%或9%，具体取决于营改增政策。

城市维护建设税

对在城市范围内从事建设活动的单位和个人征收。

房产税

自建厂房自建成次月起征收房产税。

税率可能根据企业性质（一般纳税人或小规模纳税人）和房产原值有所不同。

土地使用税

如果占用城镇土地，可能需要缴纳土地使用税。

土地增值税

转让房地产并取得收入时需缴纳，根据增值额按超率累进税率计算。

印花税

在办理合同、发票等法律文件时可能需要缴纳。

企业所得税

自产、经营所得和其他所得需计算缴纳企业所得税，出售厂房收入属于应税收入。

教育费附加和地方教育费附加

根据增值税额的一定比例征收。

请注意，税法规定可能会有更新，具体税率和计算方法请以最新的税法规定和地方税务机关的规定为准。