运用予以了结程序时，应当遵循以下步骤：

调阅原卷宗：

在作出线索处置前，需要调阅原卷宗，对原核处情况进行分析研判，确保不存在事实不清、证据不足、定性不准、处理不当等问题。

收集证明材料：

在撰写予以了结报告之前，必须收集相关的证明材料，而非证据材料。

案件线索登记：

承办部门在接收到问题线索后，应先进行案件线索登记。

会商研判：

通过会商研判，形成采取予以了结的会议记录（室务会或组务会）。

审批流程：

填报问题线索处置审批表并按程序报批，通常要求在一个月内完成报批。

报告处置情况：

线索处置后，及时向案件管理部门报告处置情况。

撰写了结报告：

根据批准情况，撰写予以了结报告。

制作结案审批表：

报告经批准后，制作结案审批表（现在可能需要网上办理）。

网上报结：

经过审批后，进行网上报结。

案件归档：

最后进行案件归档。