差额征税的扣除额计算遵循以下步骤和规则：

确定可扣减成本

当存在适用不同税率的有效凭证（如3%，6%，17%）时，计算可扣减成本应使用以下公式：

```

可扣减成本 = 汇总成本金额 / （1 + 税率） × 税率

```

其中，税率应根据可扣减成本中最高适用税率来确定。

计算差额征税额

差额征税额的计算公式为：

```

差额征税额 = （不含税收入 - 可扣减成本） / （1 + 税率） × 税率

```

如果适用简易计税方法，则可能使用不同的征收率，例如：

```

差额征税额 = （不含税收入 - 可扣减成本） / （1 + 征收率） × 征收率

```

考虑进项税额抵扣

在计算应纳税额时，可以从销项税额中抵扣支付给其他纳税人的支出所对应的进项税额。

请根据具体的业务场景和适用税率，使用上述公式进行计算。