当小规模纳税人的开票金额超过3万元时，需要按照以下步骤缴纳增值税：

计算销售额：

将开票金额加上未开票的销售额计算出总销售额。

换算不含税销售额：

将总销售额除以（1 + 税率），其中税率为3%。

计算增值税：

将换算后的不含税销售额乘以3%的税率，得到应缴纳的增值税额。

计算附加税：

根据增值税额计算附加税，通常包括城建税、教育费附加和地方教育费附加。

例如，如果某小规模纳税人当月总销售额为4万元，则应缴纳的增值税计算如下：

```

增值税 = 40000元 / （1 + 3%） × 3% = 40000元 / 1.03 × 0.03 ≈ 1165.05元

附加税 = 增值税 × （城建税税率 + 教育费附加税率 + 地方教育费附加税率）

附加税 = 1165.05元 × （7% + 3% + 2%） ≈ 1165.05元 × 0.12 ≈ 139.81元

总税额 = 增值税 + 附加税 ≈ 1165.05元 + 139.81元 ≈ 1304.86元

```

所以，该小规模纳税人当月应缴纳的税款大约为1304.86元。

请注意，具体的税率和计算方法可能会根据当地税务部门的规定有所不同，建议咨询当地税务部门获取最准确的信息