保函费用通常计入财务费用科目。具体会计分录如下：

1. 当企业缴纳银行保函费时：

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借：其他货币资金—保函保证金

贷：银行存款

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2. 当企业支付银行保函费手续费用时：

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借：财务费用—手续费用

贷：银行存款

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财务费用科目涵盖了企业为筹集生产经营所需资金等而发生的筹资费用，包括利息支出（减利息收入）、汇兑损益以及相关的手续费等。

需要注意的是，如果涉及到保函保证金的收付，则分别通过“其他应付款”和“其他应收款”科目进行核算。