万元版发票的最高开票金额取决于适用的税率。根据提供的信息，以下是万元版发票的最高开票金额（不含税金额）和相应的含税金额：

如果税率为3%，则最高开票金额为50万元。

如果税率为6%，则最高开票金额为20万元。

如果税率为13%或16%，则最高开票金额为10万元。

对于一般纳税人，万元版增值税专用发票的最高开票金额（不含税金额）应为99999.99元。

含税金额则根据企业的实际税率来确认。例如，如果企业适用13%的税率，则其最高开票金额（含税）为99999.99元 * （1 + 13%）。

请注意，这些信息可能会随着税务政策的更新而变化，建议在开具发票前咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取最新信息