物流运输公司在做账时，通常遵循以下步骤和原则：

收入核算

记录所有运输服务费、货物装卸费等收入项。

根据规定税率计算增值税。

收入确认通常通过合同、运输单据或客户签收实现。

支出核算

记录所有支出，如油费、维修费、工资等。

支出中需扣除相应的税额。

成本核算包括直接成本（如燃油费、过路费、司机工资）和间接成本（如仓储费用、装卸搬运费用、配送流通加工费用、信息处理费用等）。

账务处理流程

审核原始凭证，编制记账凭证。

根据记账凭证登记明细分类账和总账。

月末进行计提、摊销、结转。

对账，确保账证、账账、账实相符。

编制财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表。

纳税申报

根据财务报表计算应缴税费并进行申报。

会计报表与分析

确保报表数字准确、内容完整。

对报表进行分析说明，为决策提供信息。

会计资料保管

将记账凭证装订成册妥善保管。

以上步骤和原则帮助物流运输公司准确记录财务状况，合理计算税费，并为管理层提供决策支持。需要注意的是，具体会计政策和处理方法可能因国家和地区的不同税法规定及公司内部政策而有所差异。