哈尔滨工程大学的特色是三海一核，与三海一核相关的院系就是哈尔滨工程大学最好的院系。

它们分别是:一系即船舶工程学院，三系即动力与能源工程学院，四系即智能与自动化学院，五系即水声工程学院和核学院。另外六系即计算机学院和八系即通讯与信息化学院也不错。哈尔滨工程大学在国家双一流建设中，船舶与海洋工程学科是重点建设学科，该学科是哈尔滨工程大学最好的专业。