高本贯通毕业证和普通本科是不一样的。

可以说，高本贯通在培养方向上不同于普通本科，主要表现在：本科生类型不同，高本贯通是应用本科类型；高考考进本科属于普通本科类型。培养目标不同，高本贯通的培训目标是适应生产、建设、管理、服务一线需要的高技术应用型人才。

一样。高本贯也就是读完高中阶段不需要参加统一高考直接读本科的一种办学模式，全国有一些高校都有这种模式，也就是某些高校从初中毕业生中提前选拔人才苗子进行针对性教育。