在计算桩基坐标时，通常使用墩中心线作为参考。

这是因为墩中心线可以提供更准确的位置信息，能够确保桩基的位置与墩的位置相对一致。而梁缝则可能存在一定的误差，因为梁缝的位置可能会受到施工等因素的影响。因此，为了保证桩基的准确性和稳定性，使用墩中心线作为计算桩基坐标的参考是更可靠的选择。