上海海关学院的毕业生主要去向有：海关、税务、国际贸易、物流、金融、信息技术、经济管理、国际组织、国际法律、国际关系、国际贸易等行业。

上海海关学院有9个本科专业，学生毕业就业去向因专业而各有差异，如从事教学、审计等工作等。学生毕业后面向社会自主择业。