朱棣迁都后 在南京周围设立了南直隶，应天府，六部，司礼监，留守太监。

自从迁都之后，出了南京兵部外的其他各部基本都变成被排挤和养老的官员所在，例会也变成茶话会。一般来说明朝南京真正有实权的就三人：镇守太监、南京守备、和参赞机务(南京兵部尚书兼任)

明代南京最高长官是史可法、韩赞周和赵之龙。明朝兵部尚书，是明朝六部中兵部的最高级长官，别称“大司马”，负责掌管全国卫所军官的选拔授予、训练、车辆、武器管理等政令，为正二品。