有区别。

农业农村局是政府行使农业农村工作的职能部门，负责农业生产、农村发展、乡村振兴、科技种田、农业技术推广、农作物病虫害防治、高标准农田治理等等工作职能。农水局是省级水利厅的下属单位，职能职责是负责全省小农水项目的规划、建设、管理、技术指导等等工作职能。

农业农村局是国家各级政府专业主管主抓与农村农民有关的政策事务工作，农水局我没听说过，我知道水利局和水务局，我想农水局是不是更具体了，专门去抓农村水利方面的事务，例如农村人们的吃水问题，庄稼的浇灌问题，还有农村地下水开采等等。

农业农村局和水利局有很大区别，因为前者主管农村全面工作。而后者是单方面管理与水利有关的工作