法洛四联症的确切病因目前尚不清楚，可能有以下几个原因，一是胎儿早期母体的病毒感染。

二是遗传倾向，最常见的是紫绀型先天性心脏病。三是环境污染，包括食物，空气及水污染等。四是染色体存在缺陷。