科目三取消预约会扣分的原因：直接算挂科。

在预约考试的时候，一定要挑选好时间，确保自己当天没有其他事情，可以安心考试，不然缺考的话就错失了一次机会，而且还需要缴纳补考费，得不偿失。如果真的有事，那也没有办法，不过最好还是提前取消预约，这样一来对自己的考试不会有什么影响。