中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科开创了我国高等航海教育的先河。

1912年成立吴淞商船学校，1928年更名为吴淞商船专科学校。

1950年吴淞商船专科学校和上海交通大学航业管理系合并，成立上海航务学院。

1959年交通部在沪组建上海海运学院。从2000年开始，学校实行由上海市和交通部共建，以上海市管理为主的体制。

2004年教育部批准上海海运学院更名为上海海事大学。