首先，三本和高职的教学质量和课程设置不同，三本大学设有更多的研究生、博士生导师以及研究机构，同时也开设更多的核心课程和选修课程，教学资源更加丰富，故而学费也相对更高。

其次，三本学生毕业后更容易获得较高薪酬的职位和较好的发展前景，也有更多的进修深造机会，其教育价值与投入成本相匹配。而高职则主要以技能培训为主，相对而言教学成本和投入较低，所以学费较为实惠。

一个学校的三本一般是由私人创办的，需要盈利，比一般本科高，相比高职，学的东西不同，所以比高职贵。