主要区别有一是飞行总时间不同。

正机长飞行时间长，驾驶技术素质更全面。副机长飞行时间偏短，技能次之。二是职责不同。正机长负责全面工作。副机长协助机长的工作。三是待遇不同。机长待遇高。副机长待遇偏低。