哈尔滨医科大学院系设置：（专业设置）

学校设有基础医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、药学院、生物信息科学与技术学院、人文社会科学学院、马克思主义学院、体育学部、哈尔滨医科大学第一至第四临床医学院、眼科医学院、口腔医学院、护理学院、麻醉学系、重症医学系、医学影像学系、儿科医学系、五官科学系、病理学系、研究生学院、成人与继续教育学院、国际教育学院等24所二级院系;设有哈尔滨医科大学大庆分校、中国疾病预防控制中心地方病控制中心、黑龙江省医学科学院、哈尔滨医科大学附属第一至第四医院(挂哈尔滨医科大学第一至第四临床医学院牌子)、哈尔滨医科大学血液肿瘤医院等8所事业单位。