昌吉学院在职研究生有中文系、中语系、经济管理系、外语系、数学系、计算机工程系、物理系、化学与应用化学系、体育系、音乐系、美术系、初等教育学院、马克思主义学院、继续教育学院、航空学院等15个二级教学单位,共73个本、专科专业(其中40个本科专业,33个专科专业),专业覆盖法学、教育学、文学、理学、工学、经济学、管理学、艺术学八个学科门类。