主殿有五个。

第一个是天王殿，因殿内供四大天王而得名。第二个是大佛殿，重大的佛事活动均在这里举行。现存大佛殿是明代重修的。第三个主殿是大雄殿，佛龛内的三尊佛盘双膝于莲花座中。第四个主殿是接引殿，在日治年间毁于火灾，光绪年间重建，是白马寺最晚最小的建筑。 第五个主殿是眦卢阁，由光明普照、清凉台、藏经阁、法空阁等组成。