重庆巴南区前身是历史名邑巴县。

商代巴人在此立国建都。西周及战国，属巴国地。南北朝属楚州巴郡。隋代属渝州巴郡。唐代属渝州南平郡。宋代先后属渝州，恭州，重庆府。元朝属重庆路。明清时期属重庆府。民国时期，属川东道，后属四川省。

1951年属重庆市。