宋神宗元丰二年（1079年），苏轼四十三岁，调任湖州知州。

上任后，他即给皇上写了一封《湖州谢表》，这本是例行公事，但苏轼是诗人，笔端常带感情，即使官样文章，也忘不了加上点个人色彩，说自己“愚不适时，难以追陪新进”，“老不生事或能牧养小民”，这些话被新党抓了辫子，说他是“愚弄朝，妄自尊大”，说他“衔怨怀怒”，“指斥乘舆”，“包藏祸心”，讽刺政府，莽撞无礼，对皇帝大不敬，如此大罪可谓死有余辜了。他们从苏轼的大量诗作中挑出他们认为隐含讥讽之意的句子，一时间，朝廷内一片倒苏之声。这年七月二十八日，苏轼上任才三个月，就被御史台的吏卒逮捕，解往京师，受牵连者达数十人。这就是北宋著名的“乌台诗案”（乌台，即御史台，因其上植柏树，终年栖息乌鸦，故称乌台）。乌台诗案这一巨大打击成为他一生的转折点。新党们非要置苏轼于死地不可。救援活动也在朝野同时展开，不但与苏轼政见相同的许多元老纷纷上书，连一些变法派的有识之士也劝谏神宗不要杀苏轼。王安石当时退休金陵，也上书说：“岂有圣世而杀才士乎？”在大家努力下，这场诗案就因王安石“一言而决”，苏轼得到从轻发落，贬为黄州（今湖北黄冈）团练副使，本州安置，受当地官员监视。苏轼坐牢103天，几次濒临被砍头的境地。幸亏北宋时期在太祖赵匡胤年间既定下不杀士大夫的国策，苏轼才算躲过一劫。

这场诗案就因王安石“一言而决”，苏轼得到从轻发落，贬为黄州（今湖北黄冈）团练副使，“本州安置”，受当地官员监视。

1074年38岁任密州太守，今山东诸城。

苏轼辞去京官到杭州任通判。

1071年，苏轼上书谈论新法的弊病。王安石颇感愤怒，于是让御史谢景在神宗面前陈说苏轼的过失。苏轼于是请求出京任职，被授为杭州通判。

熙宁七年（1074年）秋，苏轼调往密州（山东诸城）任知州。

熙宁十年（1077年）四月至元丰二年（1079年）三月，在徐州任知州。

苏东坡辞去京官到杭州任太守。当时苏东坡不愿卷入司马光派与王安石派政治斗争，因而再度自求外调。他以龙图阁学士的身份，再次到阔别了十六年的杭州当太守。苏轼在杭州修了一项重大的水利建设，疏浚西湖,用挖出的泥在西湖旁边筑了一道堤坝，也就是著名的“苏堤”。