东南大学医学院和南京医科大比较，两所大学都很好各有千秋，因为东南大学属于985重点大学，高考分数要比南京医科大学要高，从专业全面性看南京医科大学要比东南大学医学院强，南京医科大学是211重点大学，也是老牌医学院之一，所以其科研和教学水平都是一流的。