药店的管理主要归属于国家市场监督管理总局，这是一个负责全面监管市场的权威机构。

具体来说，国家药品监督管理局负责制定药品监管制度，并负责药品研制环节的许可、检查和处罚。而省级药品监督管理部门则负责药品生产环节的许可、检查和处罚，以及药品批发、零售等许可。所以，药店在经营过程中需要遵守这些规定，确保其销售的药品合法、安全、有效。