（1368-1574年）僧人圆慧初创，名慧济庵。

清乾隆五十八年（1793年）僧人能积扩庵为寺，建圆通殿、玉皇殿、斋楼等。清光绪三十三年（1907年）僧人德化请得《大藏经》明 ，又经僧人文正大力建造，遂成巨刹，与普济寺、法雨寺并称普陀山三大禅寺。解放初，僧善余等居之。“文革”期间，被拆去禅堂700余平方米，殿宇荒芜，佛像被毁，寺由部队进驻。

1979年10月，驻军腾退。

198O年开始，由本山佛协集资全面修复，重塑佛像。

1988年新建观音殿，1989年10月举行佛像开光典礼。

1991年观音殿镌刻历代名画观音圣像123帧，1992年建汉白玉莲花池。

1993年6月翻建大悲阁；10月，大修西厢楼。

1994年12月新建发电间等附属用房。慧济寺的大雄宝殿1995年IO月新建梅檀阁，拆建斋堂。装修8间楼为新颖宾客楼。

1997年重建阅藏楼5间。

1998年，监院戒忍发起錾刻西院壁间释迦佛应化事迹浮雕32帧，雕琢山门口龙宫。