根据山东协和学院的规定，学生可以通过以下几种方式扣除学费：

1. 在线支付：学生可以通过学校的官方网站或移动支付平台进行在线支付学费。

2. 银行转账：学生可以将学费转账至学校指定的银行账户。

3. POS机支付：学生可以在学校财务处或指定的缴费点使用POS机刷卡支付学费。

4. 现金支付：学生可以直接到学校财务处或指定的缴费点用现金支付学费。学生需要根据学校的具体要求选择合适的支付方式，并按时缴纳学费。