定义1： 模拟自然生态的整体、协同、循环、自生原理， 并运用系统工程方法去分析、设计、规划和调控人工生态系统的结构要素、工艺流程、信息反馈关系及控制机构， 疏通物质、能量、信息流通渠道， 开拓未被有效利用的生态位，使人与自然双双受益的系统工程技术。

定义2： 着眼于生态系统结构改善，功能提高，物质分层多级利用的工程技术。 生态工程是指应用生态系统中物质循环原理,结合系统工程的最优化方法设计的分层多级利用物质的生产工艺系统，其目的是将生物群落内不同物种共生、物质与能量多级利用、环境自净和物质循环再生等原理与系统工程的优化方法相结合，达到资源多层次和循环利用的目的。如利用多层结构的森林生态系统增大吸收光能的面积、利用植物吸附和富集某些微量重金属以及利用余热繁殖水生生物等。