二者的区别：

1、土木工程师是指从事普通工业与民用建筑物、构筑物建造施工的设计，组织并监督施工的工程技术人员。

这是一个大的概念，是一个总称。

2、而结构工程师是指合理的将建筑物的结构承重体系（包括水平承重体系的楼、屋盖等和竖向承重体系的砌体、柱子、剪力墙等）建立和布置起来，以满足房屋的承载力、安全、稳定和使用等方面的职务和工作。结构工程师即取得相应资质，进行结构计算和绘制结构图的人。