因为学的课程不一样。

基础医学院主要学的是医学的基础学科，主要就是把系解，组胚，生理生化，病理，微生物之类的基础课程上完。然后基础课程都上完后就开始传授一些临床课程，内外科，超声波之类的课程都是临床上应用的，在这同时还会渐渐地让你们去接触一下医院，这时再叫基础医学院就不符了，所以改名为临床医学院。