医学院现设有党政办、教学办、学工办、实践办等4个行政部门和临床医学系、市一临床学系、护理学系、药学系及基础医学部5个教学系部，有临床医学、护理学、药学、医学影像技术、医学检验技术等本科专业。

医学院本部现有教职工151人，专任教师120人，其中教授9人，副教授36人，硕士、博士学位教师42人，在校学生2429人。设有1个医学教学实验中心，9个教学综合实验室， 3个医学研究所。有2所附属医院，42所临床教学实习基地。

党政办！

教学办！

学工办！

临床医学！

护理学系！

药学系！医学影像技术！

据2021年10月学院官网显示，莆田医学院，学院有解剖组胚学、生理学、病理学与病理生理学、病原生物学与免疫学、生物化学与细胞生物学、公共卫生学6个教研室和1个实践教学中心等7个教学单位。