目前来说，南航前五个院的研究生在本部，就是明故宫校区，分别是 一院航空宇航学院、二院能源与动力学院、三院自动化学院、四院电子信息工程学院 、五院机电学院。

然后从六院开始的后面几个院系的研究生都在江宁校区。我是九院经济与管理学院，在江宁校区，你说的是二院和三院都在本部的

经查询到的南京航空航天大学，明故宫校区（本部）有南京航空航天大学航空学院，南京航空航天大学能源与动力学院，南京航空航天大学自动化学院，南京航空航天大学电子信息学院，南京航空航天大学机电学院，南京航空航天大学材料科学与技术学院，南京航空航天大学民航学院。