主要区别大致有一是性质不同。

施工协议是甲方乙方共同商定的内容，可以是口头的或是简单的文书。不具法律效力。施工合同是正式的文书，具有法律效力。二是内容不同。施工协议内容是注重大项目，忽视小细节。施工合同内容全面，明确双方职、权、利及违约处罚。