区别是意思不同。

do well in意思是在...成绩好；在...做得好；在...表现好，表示一种情况也可指在具体的一次活动中表现出色；be good at擅长...；善于...；在（某方面）出色，强调一种笼统情况。good只是形容词用来修饰名词，如果遇到动词必须用well来强调“好”

be good at 和 do well in区别

be good at v.擅长

do well in在……成绩好,在...做得好，在……表现好

现以例子来说明它们意思的区别：

You are good at English你英语好，你擅长英语。

You do well in English你英语成绩好