有区别，两者是包含于被包含的关系。

古生物的概念更大，只要是古代生物都是这个学科可以研究的。而动物考古只是研究古代的动物，对于植物和一些其他菌类都不估去研究，而且一般动物考古不包括古人类，人类有单独的研究，所以要看自己的喜好去选择。