一是定义不同。

垫，衬在底下或铺在上面，如垫高；用来衬、铺的东西，如垫子；替人暂付款项，如垫付；陷沉，淹没，如垫没；填放空缺，如垫补。惦，挂念；放心不下，如惦记、惦念。二是词性不同。垫，可作动词、名词、形容词（如垫脚石）使用；惦，只作动词使用。三是来源不同。垫，往往来源于四肢动作，一般由手产生；惦，往往来源于思想意识，由大脑产生。