《永乐大典》从编纂成功后，原稿一直存放在南京文渊阁，后毁于大火。

朱棣迁都北京后，正本一直放在明朝皇宫中的文楼（今北京故宫午门的东角楼）。这是一部珍贵的史书，明朝皇帝非常重视，嘉靖皇帝就非常喜爱，经常拿几本放在案头翻阅。