司马迁崇拜孔子，从《史记》看出司马迁与孔子有着深厚而又复杂的精神联系。

他赞同儒家的“心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治天下”的思想，并积极实践。他还善于撷取黄老思想的精华，来辅助儒家仁义礼乐治术之外的不足，构成其完整的治政哲学。