北京大学元培学院学生可在学校教学资源允许的条件下，自由选择全校各个专业的任意课程。

目前已经开始招生的跨学科专业有“古生物学”、“政治学、经济学与哲学”、“外国语言与外国历史”、“整合科学”和“数据科学与大数据技术”专业。