船员证理论考试的科目有：《航海学》、《船舶操纵与避碰》、《船舶管理》、《船舶结构与货运》、《航海英语》、《水手业务》、《水手英语》后两科为水手考试科目，其中申请二副与申请三副适任证书的理论考试科目相同。