洗脱过程中要防止凝胶柱洗脱液流干的主要原因是为了确保洗脱过程的有效性和凝胶柱的稳定性。

如果凝胶柱洗脱液流干，会导致凝胶柱失去润滑和保护，容易导致柱床的坍塌或变形，影响色谱分离的效果。另外，凝胶柱洗脱液流干也会造成柱床内的样品残留物质结晶堵塞柱床，降低了柱床的再生能力，影响了后续的使用。因此，在洗脱过程中要及时补充洗脱液，维持凝胶柱的湿润状态，以保证色谱实验的有效进行。

洗脱液流干后，凝胶柱内会产生气泡，凝胶也会收缩，直接影响到洗脱效果。