北京协和医学院临床医学专业实行八年制的培养机制，与清华大学联合培养，在入校的前两年学生都在清华大学读书，接受基础通识教育，之后才回到北京协和医学院进行医学专业方面的学习。

毕业之后领取的毕业证上有北京协和医学院和清华大学两个印章，而且直接获得博士学位。