如果小高考中的外语科目不合格，可以在高三上学期参加补考。

补考通过后，将不会影响高中毕业证的获得。但是，如果补考仍然不及格，考生将无法获得高中毕业证书。此外，需要特别注意，一些特殊类型的招生、热门专业、医学类等专业可能会要求小高考所有科目都合格，因此报考这些专业可能会受到限制。