直接由原子构成的物质包括元素和化合物。

元素是由相同类型的原子组成的物质，如氧气、金属铁等；化合物则是由不同类型的原子组成的物质，如水、二氧化碳等。这些物质都是由原子经过化学反应或物理变化而形成的，它们的性质和结构都与原子的性质和结构密切相关。由于原子是组成物质的最基本单位，因此直接由原子构成的物质在化学和物理研究中具有重要的意义和价值。