厦门大学的计算机系的科研水平可能和福州大学差不多，但是大学不单单是接受专业课教育，还有很多其它方面的东西，厦大作为福建老大的学校，比福大肯定还是好一些的。

比如你同学的水平，厦大肯定比福大强。而且在就业的时候，厦大的毕业生肯定比福大的有优势。在出国方面一样是厦大有优势，毕竟厦大是985，而福大是211.