重庆医科大学创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建而成，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。

2008年教育部、重庆市《部市战略合作协议》确定学校为重点建设大学。学校暂目前有袁家岗和缙云2个校区。