莆田学院开设了多个专业，其中较为知名和优秀的专业包括医药学、护理学、工程学、外语学等。

医药学专业是莆田学院的特色专业之一，拥有一支专业化的师资队伍和先进的教学设施，培养了大批优秀的医学人才。护理学专业也备受关注，学院拥有专业的教学团队和丰富的实践教学资源，培养了大批实践能力强、专业技术过硬的护理人才。工程学和外语学等专业也在教学水平和学生就业率方面取得了显著成绩。