南山中学本部新生分班有四个层次，最好的叫做清北班，会有两个理科清北班，一个文科清北班，接下来就是第二个层次，然后第三个层次，最后那个最低的就是平行班，分班原则都是按照分数进行分的，最低那个层次的平行班人数是最多的，班级个数也比其他班要稍多一些