二者都是教育部批准的普通本科院校。

区别在于双非院校是指在一本分数线以上招生，而独立学院都是在二本分数线上招生。再有双非院校都是公办大学，而独立院校大多都是民办大学。最后师资力量对比来看，双非院校一般至少具有硕士点，而独立高校大多都是本科教育层次。